为适应经济全球化时代对航运物流高端人才的紧迫需求和上海国际航运中心建设的需要，经国务院学位办批准，自2004年起，上海海事大学与世界海事大学合作举办“国际运输与物流”硕士学位教育项目。
“国际运输与物流”硕士学位教育项目由上海海事大学与世界海事大学共同组织实施，培养方案由合作双方协商制定，70%课程的授课师资为外教。学员经入学评估（英语+专业）和录取后，分三个阶段（课程学习、企业实践与海外游学、论文撰写）学习，学制为18个月，采取全日制在校学习方式。学员修完全部课程并通过论文评审，可获世界海事大学颁发并经教育部认证的“国际运输与物流”硕士学位。学生毕业后可在国内外航运、物流、港口、制造、贸易等企事业单位和政府部门从事各类业务与管理工作。
在十多年的办学过程中，合作双方坚持“规范办学、特色办学、优质办学”的指导思想，通过“面向航运物流领域需求，创新高端人才培养模式；汇集全球优质教育资源，体现国际化办学理念；基于质量管理体系，实施精细化管理；强化办学辐射效应，发挥示范支撑作用”等途径，使项目逐步发展成为特色鲜明、水平一流、声誉良好的中外合作办学项目，办学质量得到社会各界的普遍认可。在2013年教育部组织的中外合作办学项目评估中，总体评价、办学特色、培养目标与培养方案、培养质量、社会效益等多项指标均获100%合格评分，并顺利通过上海市教育评估协会组织的中外合作办学认证；2016年，在上海市教委组织的第二届上海市示范性中外合作办学机构（项目）评选中，获评“示范性中外合作办学项目；2017年获高等教育上海市级教学成果一等奖。
